הכנסייה שהתגלתה מתוארכת למאות הרביעית-החמישית לספירה, כאשר העיר הקדומה בניאס היוותה מרכז נוצרי חשוב עם בישוף, זאת לאחר שהייתה קודם מרכז פולחני משמעותי לאל פאן בתקופות ההלניסטית והרומית.

כנסייה מהתקופה הביזנטית המתוארכת סביב שנת 400 לספירה, התגלתה בשמורת הטבע מעיינות הבניאס (שמורת הטבע נחל חרמון) במסגרת חפירות ארכיאולוגיות שנערכו בהובלת אגף ארכיאולוגיה של רשות הטבע והגנים ובניהול פרופ׳ עדי ארליך ורון לביא מהמכון לארכיאולוגיה ע״ש זינמן באוניברסיטת חיפה.

בין הממצאים המפתיעים שהתגלו בחפירה, יש שרידי רצפת פסיפס מעוטרת בצלבים ודגמים אחרים ולפיה מעריכים החוקרים כי מדובר בכנסייה. כמו כן נחשפה אבן מסותתת גדולה ומיוחדת במינה שעליה נחקקו  סימני צלב רבים, כנראה על ידי צליינים שביקרו בכנסייה לאחר שהפכה למוקד לעלייה לרגל.

במהלך החפירה נחשפו גם ממצאים המעידים על שימוש קודם במקום כמתחם רומי מקודש פתוח לשמיים לפולחן האל פאן עם גומחות ומזבחות ופריטים אדריכלים מעוטרים. במרכז המתחם נמצאה גם בריכה קטנה.

על פי הערכת החוקרים, הכנסייה, שהשתמשה בארכיטקטורה הפגאנית, נוסדה במקום כאשר הפכה הנצרות לדת הרשמית בארץ ישראל במאה הרביעית לספירה. על פי שיפועים ושקעים חריגים ברצפת הפסיפס ובקירות המתחם מעריכים כי הכנסייה נפגעה ברעידת אדמה שפקדה את האזור ומחציתה שקעה. הכנסייה שופצה לאחר מכן במאה השביעית על ידי הנוצרים והפכה לאתר צליינות. זאת כאמור על סמך האבן הגדולה עם סימוני הצלב שנמצאה בחפירות.

לדברי ד”ר יוסי בורדוביץ’, ראש תחום מורשת ברשות הטבע והגנים: “החפירות הארכיאולוגיות בשמורת מעיינות הבניאס, נערכו במתחם שרידי מקדש קדום לאל פאן שבנייתו נעשתה כנראה בשנות ה-20 לפני הספירה וחלקו נחשף בחפירות ארכיאולוגיות קודמות באתר. החפירות עתה נועדו להשלים את חשיפתו של מקדש זה מול חזית המערה שבשמורה לצורכי שימור ארכיאולוגי והמשך פיתוח תיירותי עבור המבקרים בשמורת מעיינות הבניאס שבניהול רשות הטבע והגנים”.

פרופ׳ עדי ארליך מהמכון לארכיאולוגיה ע״ש זינמן באוניברסיטת חיפה מסבירה כי: “המקדש לאל פאן והכנסייה שהתגלתה הם בסביבה טופוגרפית המשלבת מצוק, מערה, מעיינות וטרסה שנוצרה בזמן הקדום מהתמוטטות חלק מהמצוק ועליה נבנו המקדשים.  בתקופה ההלניסטית, במאה השלישית לפני הספירה, התחיל פולחן לאל פאן ליד המערה והמעיין. מכאן גם מקור שמה של העיר הקדומה ‘פניאס’ שלימים השתנה לבניאס. הורדוס המלך בנה באזור מקדש לקיסר אוגוסטוס בסוף המאה הראשונה לפני הספירה. בנו פיליפוס ייסד במקום עיר שנקראה “קיסריה של פיליפוס” בראשית המאה הראשונה לספירה. לאורך התקופה הרומית הייתה העיר מרכז פולחן חשוב לאלים פאן וזאוס. לפי הברית החדשה, כאן בבניאס הכיר פטרוס בישו כמשיח, וישו נתן לו את מפתחות השמים. בראשית התקופה הביזנטית,  בערך בשנות ה-320 לספירה הפכה העיר בניאס למרכז נוצרי חשוב עם בישוף והפולחן התחלף לאט לאט לנוצרי. העיר דעכה לאחר המאה השביעית לספירה, אך המשיכה להתקיים לאורך ההיסטוריה. היא הייתה מיושבת בצפיפות בתקופה הממלוכית במאה ה-13″.